Clay Jannon ist eigentlich Webdesigner, doch die Rezession hat ihn seinen Job gekostet. So führt ihn eine Stellenanzeige in die durchgehend geöffnete Buchhandlung von Mr. Penumbra. Clay merkt bald, dass dies keine gewöhnliche Buchhandlung ist und hier irgendetwas nicht stimmt. Nach und nach findet Clay heraus, dass Mr. Penumbra und seine Kunden einem uralten Geheimnis auf der Spur sind. Zusammen mit zwei Freunden macht er sich daran, dieses Geheimnis zu lüften.
